Maakuntahallitus valmistelee maakuntavaltuuston päätettävät asiat, valvoo liiton etua, edustaa liittoa ja tekee sen puolesta sopimukset.
Maakuntahallitus vastaa maakunnan kehittämisrahan ja liitolle delegoidusta EU:n rakennerahastojen varojen käytöstä, ohjelmasopimusten ja yhteistyöasiakirjojen tekemisestä, lausuntojen antamisesta mm. aluekehityslain sekä maankäyttö- ja rakennuslain määrittelemissä puitteissa.
Etelä-Pohjanmaan maakuntahallituksen esittelijänä toimii maakuntajohtaja ja sihteerinä hallintojohtaja.
Maakuntahallituksen kokouksissa on läsnäolo- ja puheoikeus myös seuraavilla: